El especial es una adaptación más fiel de los videojuegos Pokémon Rojo y Azul, la historia se centra en un muchacho llamado Red (Rojo en español) el cual comienza su aventura junto a su compañero, Charmander, para intentar capturar a todos los Pokémon conocidos en la región de Kantō y convertirse en el campeón de la Liga Pokémon. A lo largo del viaje Red se encontrará con su rival, "Green", varios líderes de gimnasio Pokémon, y la con la organización del crimen, el Equipo Rocket.